El 17 de junio de 1879 del matrimonio formado por Francisco Zapata Castro y doña Rosa Lillo nace un tercer hijo, que pasó a llamarse Francisco.

Cuando sólo contaba con escasos años su familia se trasladó a la Región del Maule, cerca del histórico pueblito de "Yerbas Buenas". Fue aquí, donde pasó su infancia y cursó sus primeros estudios primarios y secundarios.

De sus profesores, a quien más recordó en este Liceo por sus grandes dotes de maestro, fue a Don Fidel Pinochet Le Brun, con quien se volvió a encontrar después en San Bernardo, como primer Rector del Liceo de Hombres. 

Cuando tenía 13 años falleció su madre y pocos años después su padre abandonó el hogar, viviendo su juventud solitario y con grandes sacrificios. Al obtener su grado de bachiller se vino a Santiago, donde se albergó en casa de una familia francesa y fue quizás aquí donde nació su gran cariño por Francia, su cultura y su pueblo. Ingresó al Instituto Pedagógico, donde se matriculó en las Asignaturas de Francés y Castellano, obteniendo el título en 1901.

Por esta época se da a conocer como escritor, publicando crónicas y comentarios en la  revista “La Ilustración” con el seudónimo de ZAPATECHE. 
El gobierno, reconociendo sus méritos, le concede una merecida Beca por tres años, en 1903, para perfeccionar sus estudios en Francia y España. Zapata Lillo fue en París un alumno más que sobresaliente y a fines de 1903 se casa con la joven francesa Julia Marthe Granier Bonnet, con quien formó un hogar feliz que vinieron a alegrar aún más sus hijos Solange, René, Héctor y Juan.

Don Francisco y su esposa regresaron a Chile en 1906, instalándose en una hermosa quinta ubicada en Eyzaguirre esquina de 12 de Febrero, separada por la calle Sánchez (hoy Zapata Lillo) de la quinta de Don Emiliano Figueroa.

Apenas regresó fue nombrado profesor de Francés del Instituto Nacional y a fines de ese año, profesor Auxiliar de Francés del Instituto Pedagógico. Cuatro años después se le nombró Profesor de la Academia de Guerra y en 1914 de la Escuela Militar.  En 1919 se le concede el Título de Catedrático de la Universidad de Chile, nombrándosele Profesor en Propiedad de Francés en el Instituto Pedag6gico. 

Escribió numerosos textos didácticos, como su famosa "Crestomatía Francesa", "El Croquis en la Enseñanza de los Idiomas Extranjeros", "L'Argot", "Le Cid" (Tragedia de Corneille, con notas de Zapata Lillo), "Ruy Blas" (Drama de Víctor Hugo), "Lecturas Educativas" y "Voyage en Franca".

A éstas hay que añadir sus obras literarias como "Cuentos de Mi Tierra", premiada por el Consejo de Bellas Letras en 1914; "Las Horas Rosadas", libro de poemas inspirados en el gran amor que profesaba a su esposa e hijos y en la felicidad de su hogar; y su novela "Torbellino”.

En San Bernardo, fue el impulsor de la actividad cultural, junto a su amigo Manuel Magallanes. Ambos fundan en 1910 la Sociedad de Instrucción Popular Centenario, con el objeto de crear Escuelas para Obreros.  Participa en la "Sociedad Protectora de Estudiantes Pobres", creada en 1913 por su ex Profesor Don Fidel Pinochet. En 1915, junto a Santiago Mac-Lean y otros, funda el periódico “La Idea” y ese mismo año participa en la "Sociedad de Instrucción Popular".  En 1918, Magallanes Moure y Zapata Lillo fundan la Sociedad de Conferencias Públicas, y al siguiente fundan el "Ateneo de San Bernardo", que daría prestigio a nivel nacional a la ciudad.

Su hogar era lugar de encuentro de intelectuales, artistas nacionales y extranjeros. Allí llegaban escritores, poetas, pintores y entre los extranjeros destacan Paul Hazard (francés) y el español Blasco Ibáñez.

Don Francisco Zapata Lillo falleció el 8 de octubre de 1925 a la edad de 46 años.